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Systematische Analyse der Genexpressionsmuster in epithelialen Ovarialkarzinomen durch Differential Display

Weigl, Kerstin

English Title: systematical analysis of genexpression pattern in epithelial ovarian carcinoma by differntial display

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PDF, German
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Abstract

Durch den Vergleich der Genexpression in Tumorgewebe und Normalepithel von Patientinnen mit epithelialen Ovarialkarzinomen gelang es, mit dem Verfahren des Differential Displays, unterschiedlich exprimierte Gene zu identifizieren, die an der Entstehung von Ovarialtumoren beteiligt sein könnten. Die gefundenen Unterschiede wurden durch quantitative PCR mit genspezifischen Primern an mehreren Patientinnen bestätigt. Eine Gruppe dieser Gene kodiert für Komponenten von Signalübertragungswegen. Dazu gehören die kleine GTPase K-ras, Prefoldin5/c-Myc bindendes Protein MM-1, eine kleine GTPase, die in der Literatur noch nicht beschrieben wurde, Rabin3 und ein neues Protein, das vermutlich Bindungspartner einer Kinase ist. Der offene Leseraster des vermutlichen Kinase- Bindungspartners wurde durch Amplifikation von cDNA-Enden und Datenbankvergleich vervollständigt. Das Gen besteht aus mindestens 20 Exons und umfaßt etwa 165 kb. Es liegt in der Chromosomenbande 12q23-24.1 und kodiert für ein Transkript von 2999 bp. Das Protein ist 657 AS-Reste lang und besitzt eine Größe von etwa 74 kDa. Der vorhergesagte IEP des Proteins liegt bei 4,79. Das Protein wurde rekombinant exprimiert. Es besitzt eine globuläre Struktur und verfügt über eine pleckstrin-homologe- und eine Phsophotyrosin-Bindungs-Domäne, die eine Interaktion mit der Plasmamembran und mit Kinasen wahrscheinlich erscheinen lassen. Ein weiteres Gen kodiert für ein Protein mit vier ds RNA Bindungs-Domänen. Das Gen liegt in der Chromosomenbande 8q13 und besteht aus mehr als 14 Exons. Es kodiert für ein Transkript von 2968 bp. Aus der Nt-Sequenz des 1710 bp langen offenen Leserasters konnte die AS-Sequenz des Proteins abgeleitet werden. Das Protein umfaßt demnach 570 AS-Rereste und besitzt ein MW von etwa 63 kDa sowie einen IEP von 10,4. Es könnte, wie das Staufen-Protein, das ebenfalls solche Domänen trägt, am Transport und der Lokalisation von mRNA beteiligt sein.

Translation of abstract (English)

Comparing tumor tissue and normal epithelia of patients with epithelial ovarian carcinoma by differential display it was possible to identify differential expressed genes which might be involved in the development of ovarian carcinoma. The differences were verified by quantitative PCR with gene specific primers in several patient tissues. One group of these genes code for components of signal transmission pathways. These are K-ras a small GTPase, Prefoldin5/c-Myc binding Protein MM-1, another small GTPase, Rabin3 and a new protein which might be a binding partner of a Kinase. By cDNA-end amplification and data comparison the open reading frame of the Kinase binding partner was completed. The gene comprises about 165 kb and at least 20 exons, coding a transcript of 2999bp. It localizes at chromosome 12q23-24.1. Northern blot analysis revealed a mRNA band in every investigated tissue and ovarian carcinoma cell line. The protein contains 657 aa and possesses a molecular weight of nearly 74 kDa. The expected IP of the protein is 4,79, it was expressed recombinant. The protein has a globular structure and possesses a pleckstrin homologue and a phosphotyrosin binding domain which might play a role in the interaction with the plasmamembrane and the kinase. Another gene codes for a protein with a dsRNA binding domain. This gene is localized on chromosome 8q13 and is comprised of 14 exons. It codes for a transcript of 2968 bp. Using the nucleotide sequence of the open reading frame of 1710 bp the aa-sequence was predicted. The protein is 570 aa and has a MW of 63 kDa and an IP of 10,4. A possible function is the transport and localization of mRNA, like in staufen-protein which has a similar structure.

Item Type: Dissertation
Supervisor: Bautz, Prof. Dr. Ekkehard K. F.
Date of thesis defense: 5. November 2001
Date Deposited: 14. Feb 2002 00:00
Date: 2001
Faculties / Institutes: Service facilities > German Cancer Research Center (DKFZ)
Subjects: 570 Life sciences
Controlled Keywords: Eierstockkrebs, Eierstocktumor, Differentielle Genexpression
Uncontrolled Keywords: Differential Displaydiffertial display , ovarian carcinoma , genexpression
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