Das Augustinerkloster besteht bei genauerer Betrachtung aus sechs Einzelgebäuden. Der Notation von CAROLL-SPILLECKE (1993) folgend sind dies die kleine Klosterkirche im Norden, der Kreuzgang, das Westgebäude südlich des Kreuzgangs, ein Renaissancehaus an der Augustinergasse, ein kleines Gebäude westlich davon und ein langer Ostflügel. Der Ostflügel erstreckt sich vom Renaissancehaus bis kurz vor die südliche Stadtmauer.
Die Klosterkirche stellt einem Ausgrabungsplan aus dem Jahre 1912 folgend das älteste archäologisch erschlossene Gebäude dar. Auf diese Kirche dürfte sich wahrscheinlich die erste Nennung des Klosters im Jahr 1279 beziehen.
Seit der Gründung der Universität finden in den Räumlichkeiten des Augustinerklosters Vorlesungen und Sitzungen statt. Das Kloster erlebt seine Blütezeit im 14. und 15. Jahrhundert. Die von Martin Luther geleitete Heidelberger Disputation fand im Augustinerkloster statt (\citealt{sillib1901a}). Nach der Reformation wird das Kloster in ein Bildungsinstitut für talentierte, aber arme Studenten umgewandelt und wird ab dann als Collegium Sapientiae bezeichnet. Die von wechselnden Glaubensbekenntnissen geprägte Geschichte des Collegium Sapientiae findet eine ausführliche Darstellung bei \cite{wolgast1999a}.