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Analysis of Cis-acting Replication Elements in Enteroviruses:The Multi-Functional Roles of the Cloverleaf Structure and the cre(2C) RNA

Alatorre, Dorothee

German Title: Analyse von cis-aktiven Replikationselementen in Enteroviren: Die Multi-Funktionale Rollen der Cloverleaf-Struktur und der cre(2C)-RNA

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Abstract

Enteroviruses, such as polio- and coxsackievirus, are positive-stranded RNA viruses, and belong to the family of Picornaviruses. Positive-stranded RNA viruses follow a common mechanism to replicate their RNA genomes. First, the viral genome is transcribed into a minus-strand intermediate, which then acts as a template for the synthesis of new plus-strands. The same viral RNA-dependent RNA polymerase synthesizes both RNA strands using viral and host factors to initiate synthesis. Enteroviruses make very efficient use of their small genomes. Several cis-acting replication elements can be found throughout their genome, including one within the coding region. Most of these elements consist of RNA regions, which fold into secondary structures that can form complexes with viral and cellular proteins. Such complex formations are often required to initiate a new step in replication, and thus, function as key players in regulation of the viral life cycle. Some of the cis-acting replication elements have overlapping functions and play a role in several steps in RNA synthesis. In this thesis, two cis-acting replication elements in enteroviruses were analyzed for their roles in RNA synthesis: the cloverleaf structure in poliovirus and the cre(2C) hairpin RNA in coxsackievirus B3 (CVB3). A cloverleaf-like RNA structure formed at the 5’-end of the poliovirus plus-strand is required for negative-strand RNA synthesis but has also been implicated in positive-strand RNA synthesis. Analyzing the precise role of the cloverleaf RNA element in positive-strand RNA synthesis has been hindered by its role in negative-strand synthesis, as mutations disrupting the structure and/or functions on the cloverleaf disrupt minus-strand RNA synthesis. To overcome this limitation, we have developed a novel approach to analyze cis-acting elements with multiple roles in virus replication. Poliovirus replicons were engineered to contain two tandem cloverleaf structures to separate multiple functions. Thus, a downstream cloverleaf, which only supports minus-strand RNA synthesis, allowed the genetic analysis of a 5’-terminal cloverleaf dedicated to promote plus-strand RNA synthesis. Our results reveal that the cloverleaf structure in the plus-strand functions as a promoter for both positive- and negative-strand RNA synthesis. We could show that stem a sequences within the cloverleaf structure are essential for plus-strand RNA synthesis. Also required to initiate plus-strand RNA synthesis are the binding sites for the viral polymerase precursor 3CD and the host factor PCBP2 located within the cloverleaf structure. Furthermore, in a functional assay we could demonstrate that the viral 2C protein is directly involved in plus-strand RNA synthesis. Based on our results, we propose a new model for the initiation of positive-strand RNA synthesis in poliovirus. In the second part of this thesis, the cre(2C) RNA of coxsackievirus B3 and its role in RNA replication was analyzed. A stem-loop element located within the 2C coding region of CVB3 has been proposed to function as a cis-acting replication element. The MFOLD program was used to predict the structure and the precise location of the cre(2C) hairpin. Characterization of the cre(2C) loop showed that a proposed entero- and rhinoviral consensus sequence is also applicable to the CVB3 cre(2C) loop sequence, and that the cre(2C) element functions as a template for VPg-uridylylation in vitro. Even though previous studies of the cre(2C) in poliovirus have shown that the cre RNA is not required for initiation of negative-strand RNA synthesis, we were able to demonstrate that the CVB3 cre(2C) is required for the imitation of both, negative- and positive-strand RNA synthesis.

Translation of abstract (German)

Enteroviren, wie zum Beispiel Polio- und Coxsackieviren, sind positivsträngige RNA-Viren und gehören zur Familie der Picornaviren. Positivsträngige RNA-Viren replizieren ihre Genome auf sehr ähnliche Art und Weise, indem das Virusgenom zunächst in einen Minusstrang umgeschrieben wird, welcher im nächsten Schritt als Vorlage zur Synthese von neuen Plussträngen dient. Dieselbe virale RNA-abhängige RNA Polymerase synthetisiert, unter Mithilfe von viralen und Wirtsproteinen bei der Initiierung der Synthese, beide RNA-Stränge. Im Genom von Enteroviren finden sich mehrere cis-aktive Replikationselemente, von denen sogar eines innerhalb des kodierenden Bereichs liegt. Die meisten solcher Elemente bestehen aus RNA-Bereichen, die sich in Sekundärstrukturen falten und dann Komplexe mit viralen und zellulären Proteinen eingehen können. Solche Komplexformationen sind häufig Vorraussetzung zur Initiierung eines neuen Replikationsschrittes und stellen daher Schlüsselereignisse in der Regulation des Lebenszyklus der Viren dar. Einige der cis-aktiven Replikationselemente haben mehrere überlappende Funktionen und spielen eine Rolle in mehreren Schritten der RNA-Synthese. In der vorliegenden Dissertation wurden zwei cis-aktive Replikationselemente von Enteroviren auf ihre Rolle in der RNA-Synthese analysiert: die Kleeblatt-Struktur in Poliovirus und die cre(2C) Haarnadelstruktur in Coxsackievirus B3 (CVB3). Eine Kleeblatt-ähnliche Sekundärstruktur am 5’-Ende des Positivstrangs von Poliovirus ist essentiell für die Negativstrangsynthese, wurde aber auch mit der Positivstrangsynthese in Verbindung gebracht. Die Analyse der präzisen Rolle der Kleeblatt RNA-Struktur in der Positivstrangsynthese wurde bisher durch ihre Rolle in der Negativstrangsynthese behindert, da Mutationen, die die Struktur und/oder die Funktion der Kleeblatt-Struktur zerstören, die Negativstrangsynthese behindern. Um diese Einschränkung zu umgehen, haben wir ein neues System entwickelt, das die Analyse cis-aktiver Elemente mit mehreren Rollen in der Virusreplikation erlaubt. Poliovirus-Replikons mit zwei direkt aufeinander folgenden Kleeblatt-Strukturen ermöglichten die genetische Analyse der 5’-terminalen Kleeblatt-Struktur, die die Positivstrangsynthese unterstützt, während die nachgeschaltete Kleeblatt-Struktur nur für die Negativstrangsynthese zur Verfügung stand. Unsere Ergebnisse zeigen, dass die Kleeblatt-Struktur im Positivstrang als Promoter sowohl für die Negativ- als auch die Positivstrangsynthese dient. Die Sequenzen des Stem a der Kleeblatt-Struktur waren für die Positivstrangsynthese unentbehrlich. Zwei weitere Bindungsstellen innerhalb der Kleeblatt-Struktur, für 3CD, die Proteinvorstufe der viralen Polymerase, und das Wirtsprotein, PCBP, sind ebenfalls für die Positivstrangsynthese erforderlich. Auβerdem konnten wir nachweisen, dass das virale Protein 2C direkt an der Positivstrangsynthese beteiligt ist. Basierend auf unseren Ergebnissen stellen wir ein neues Modell für die Initiierung der Positivstrangsynthese in Poliovirus vor. Im zweiten Teil dieser Dissertation wurde die Rolle der cre(2C) RNA in der RNA-Replikation von Coxsackievirus B3 untersucht. Eine Haarnadelstruktur innerhalb des 2C Kodierungsbereichs von CVB3 wurde als cis-aktives Replikationselement vorhergesagt. Mit Hilfe von MFOLD wurden die Struktur und die präzise Lage der cre(2C) Haarnadelstruktur berechnet. Die Charakterisierung der Schleifensequenzen von cre(2C) zeigte, dass eine vorhergesagte Entero- und Rhinovirus Konsensussequenz auch auf das CVB3 cre(2C) zutrifft, und dass das cre(2C) als Kopiervorlage zur VPg-Uridylylierung in vitro dient. Im Gegensatz zu früheren Untersuchungen, die gezeigt haben, dass das Poliovirus cre(2C) nicht an der Negativstrangsynthese beteiligt ist, konnten wir nachweisen, dass das CVB3 cre(2C) sowohl für die Initiierung der Negativ- als auch der Positivstrangsynthese notwendig ist.

Item Type: Dissertation
Supervisor: Kräusslich, Prof. Dr. Hans-Georg
Date of thesis defense: 24. July 2007
Date Deposited: 26. Jul 2007 11:06
Date: 2007
Faculties / Institutes: The Faculty of Bio Sciences > Dean's Office of the Faculty of Bio Sciences
Subjects: 570 Life sciences
Controlled Keywords: RNS-Viren, RNS-Synthese, Replikation, Poliomyelitisvirus
Uncontrolled Keywords: RNA viruses , RNA synthesis , replication , poliovirus
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