title: Pattern recognition of gene expression data on signalling networks of cancer
creator: Nandakumar, Kannabiran
subject: ddc-570
subject: 570 Life sciences
description: Krebs ist ein Ergebnis abweichender zellulärer Signalübertragungen. Das Verständnis der Eigenschaften dieser komplexen Netzwerke wird es ermöglichen, effiziente therapeutische Strategien zu entwickeln. Oft werden bei der Analyse von Tumoren nur einzelne Signalpfade berücksichtigt. Diese Art Analyse vernachlässigt das Prinzip zusammenhängender Signalproteine in einem Netzwerk. Die Analyse, die in dieser Dissertation beschrieben wird, verwendet einen auf Netzwerken basierenden Ansatz, um ein Verständnis der komplexen zellulären Signaltransduktionspfade (sog. Signalwege) zu ermöglichen. In dieser Dissertation wurden menschliche Tumor-Genexpressionsdaten in das menschliche Protein-Protein-Interaktionsnetzwerk eingebettet und Signalwege mittels eines auf der Graphentheorie basierenden Ansatzes vorausberechnet. Mehrere Eigenschaften von normalen und Tumorsignalnetzwerken wurden aus diesen berechneten Signalwege unter Verwendung von 10 Tumordatensätzen abgeleitet. Es wird gezeigt, dass die Signalwege der betrachteten Tumore verglichen mit denen in normalen Gewebe kürzere Kaskaden und stärker differenzierte Signalwege verwenden. Das Signalnetzwerk im Tumor ist allgemein differenzierter und stärker vernetzt als in normalen Zellen. Eine netzwerkbasierende Analyse wurde ausgeführt, um die verschiedenen Netzwerkeigenschaften zwischen normalen und Tumorzellen mittels mehrerer Tumorgenexpressions-Datensätzen zu vergleichen. Die Ergebnisse bestätigen ein Model weniger geordneter Signalwege in Tumoren, was in einer größeren Robustheit der Signalwege des Tumors resultiert. Mit den Erkenntnissen dieser Studie wird ein neues Signalübertragungsmotiv vorgeschlagen, das sich in hoher Anzahl in den analysierten Datensätzen findet.
date: 2010
type: Dissertation
type: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
type: NonPeerReviewed
format: application/pdf
identifier: https://archiv.ub.uni-heidelberg.de/volltextserverhttps://archiv.ub.uni-heidelberg.de/volltextserver/10584/1/full_thesis_feb_8_2010.pdf
identifier: DOI:10.11588/heidok.00010584
identifier: urn:nbn:de:bsz:16-opus-105842
identifier:   Nandakumar, Kannabiran  (2010) Pattern recognition of gene expression data on signalling networks of cancer.  [Dissertation]     
relation: https://archiv.ub.uni-heidelberg.de/volltextserver/10584/
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language: eng