title: The necessity of TbCNOT10 in the process of mRNA turnover
creator: Färber, Valentin Lutz Fabian
subject: ddc-570
subject: 570 Life sciences
description: Messenger RNA Degradierung startet mit Deadenylierung durch den CCR4-CAF1-NOT Komplex und darauf folgt entweder 5’ -> 3’ oder 3’ -> 5’ mRNA-Verdau. In dem protozoen Parasiten T. brucei wird die Genexpression hauptsächlich auf der Ebene des mRNA-Verdaus kontrolliert. In dem Parasitengenom existiert CCR4 nicht und daher wird der Komplex hier CAF1-NOT genannt. Wie in anderen Eukaryoten ist der Komplex auf dem Gerüstprotein NOT1 aufgebaut, an den sich die restlichen Untereinheiten CAF1, CAF40, NOT2, NOT3/5, DHH1 und ein CNOT10-ähnliches Protein anlagern. Obwohl es bekannt ist, dass CAF1 die katalytische Untereinheit ist, sind die Funktion der anderen Untereinheiten unbekannt. Während meiner Doktorarbeit habe ich mich auf die Charakterisierung von TbCNOT10 konzentriert; kodiert durch den Genlokus Tb927.10.8720. In Trypanosomen ist TbCNOT10 ungefähr 20 kDa kleiner als sein menschlicher Gegenpart und hat nur eine Sequenzidentität von rund 22 %. Ich konnte zeigen, dass TbCNOT10 ein stabiler Bestandteil des Komplexes ist und direkt mit CAF1 und NOT1 interagiert. Reduzierung von TbCNOT10 führte zu einen Vermehrungsdefekt des Parasiten in beiden Lebensstadien und interessanterweise, destabilisierte den CAF1-NOT Komplex. Als ich den RNAi-Effekt von TbCNOT10 weiter studierte, konnte ich sehen, dass seine Reduzierung zu einer Verringerung der NOT1 Menge führte und dass sich CAF1 vom Komplex ablöste. Durch die Verwendung von RNA-Sequenzierung, um die transkriptomweite mRNA-Degradation zu messen, konnte ich in TbCNOT10 sowie in CAF1 armen Zellen beobachten, dass die mRNA-Degradierung stoppte. Einen ähnlichen Effekt konnte ich für RRP45 RNAi erkennen, während ein Knockdown von PAN2 das Transkriptom nicht beeinträchtigte. In vivo Bindungsassays mit CAF1 und einem mRNA-Reporter in TbCNOT10 armen Zellen zeigte, dass die CAF1 Aktivität vom Komplex unabhängig ist. Studien in Säugetierzellen zeigten, dass menschliches CNOT10 nicht für die Assoziation von CAF1a mit NOT1 benötigt wird.  Meine Ergebnisse lassen vermuten, dass TbCNOT10 in Trypanosomen für die Bindung von CAF1 mit dem Komplex benötigt wird und dass CAF1 alleine unfähig ist, Poly(A)-binding protein (PABP) geschützte mRNAs zu deadenylieren.
date: 2012
type: Dissertation
type: info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
type: NonPeerReviewed
format: application/pdf
identifier: https://archiv.ub.uni-heidelberg.de/volltextserverhttps://archiv.ub.uni-heidelberg.de/volltextserver/13828/1/PhD_thesis_Valentin_Fa776rber.pdf
identifier: DOI:10.11588/heidok.00013828
identifier: urn:nbn:de:bsz:16-opus-138282
identifier:   Färber, Valentin Lutz Fabian  (2012) The necessity of TbCNOT10 in the process of mRNA turnover.  [Dissertation]     
relation: https://archiv.ub.uni-heidelberg.de/volltextserver/13828/
rights: info:eu-repo/semantics/openAccess
rights: http://archiv.ub.uni-heidelberg.de/volltextserver/help/license_urhg.html
language: eng