TY  - GEN
ID  - heidok9596
Y1  - 2009///
KW  - 30nm Faser 
KW  -  Monte-Carlo Modellgenome folding 
KW  -  30nm fiber 
KW  -  chromatin
UR  - https://archiv.ub.uni-heidelberg.de/volltextserver/9596/
AV  - public
A1  - Diesinger, Philipp M.
N2  - In dieser Arbeit wurde eine grundlegende Frage der Genomorganisation beantwortet, indem gezeigt wurde, dass eine Struktur höherer Ordnung nach dem Nukleosom, d.h. Chromatin, tatsächlich existiert. Ein Chromatin-Modell wurde entwickelt, das die Untersuchung sehr langer Strukturen (im Bereich von Mega-Basenpaaren) erlaubt. Des Weiteren wurde zum ersten Mal die Ablösung von Linker Histonen und ganzen Nukleosomen in ein Chromatin-Modell integriert. Dies erlaubt die Untersuchung des Chromatin-Phasendiagramms. Die darin enthaltenen Strukturen werden vor dem Hintergrund von DNA-Kompaktifizierung und -Zugänglichkeit sowie anderer wichtiger Chromatineigenschaften diskutiert. Die Verteilungen der Modellparameter stammen aus experimentellen Daten [186; 187]. Zusammen mit den Ablösungseekten zeigen sie, dass jede Chromatinkonformation aus einer Verteilung von verschiedenen Strukturen besteht. Dies erklärt, warum es experimentell so schwierig ist, regulare 30nm Fasern zu finden. Die Ergebnisse zeigen, dass Histonablösungen die Eigenschaften von Chromatin massiv beeinflussen. Nukleosomablösung kann einerseits zu einem Chromatinkollabs, andererseits aber auch zum Anschwellen von Chromatin führen und der vorhergesagte Bereich optimaler DNA Kompaktifizierung stimmt exakt mit experimentellen Daten [187] uberein. Ausserdem zeigt das Modell gute Übereinstimmung mit vielen experimentell bestimmten Chromatineigenschaften. Ein Vergleich mit Daten aus 5C-Experimenten [72] belegt, dass Histonablösung eine wichtige Chromatineigenschaft ist, da nur Fasern mit Ablösungenseffekten die wichtigen physikalischen Kontakte auf der kleinen Längenskala aufweisen. Zufällige Chromatinkontakte werden theoretisch untersucht, um 3C-basierte Technologien dadurch zu verbessern, dass präziser zwischen Zufallskontakten und spezifischen Kontakten der DNA unterschieden werden kann. Grosse Teile dieser Arbeit wurden bereits veröffentlicht [63; 64], werden zur Zeit geprüft [65; 66] oder für eine Veröffentlichung vorbereitet [26; 27; 67; 68].
TI  - Genome Folding at the 30 nm Scale
ER  -