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Konzepte und Dienste für die Homogenisierung und das Management von Dateistrukturen in neurowissenschaftlichen Verbundprojekten

Arendt, Thorsten ; Koutsou, Achilleas ; Mittal, Deepti ; Sehara, Keisuke ; Schuppner, Rike-Benjamin ; Larkum, Matthew ; Colomb, Julien ; Wachtler, Thomas

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Download (1MB) | Lizenz: Creative Commons LizenzvertragKonzepte und Dienste für die Homogenisierung und das Management von Dateistrukturen in neurowissenschaftlichen Verbundprojekten by Arendt, Thorsten ; Koutsou, Achilleas ; Mittal, Deepti ; Sehara, Keisuke ; Schuppner, Rike-Benjamin ; Larkum, Matthew ; Colomb, Julien ; Wachtler, Thomas underlies the terms of Creative Commons Attribution 4.0

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Abstract

Neurowissenschaftliche Forschungsprojekte umfassen oft große Mengen an heterogenen Daten, die mit speziellen Methoden verarbeitet werden. Für das Management dieser Daten ist dabei die Verwendung von effizienten Ordnerbaumstrukturen unvermeidbar und notwendig, und die Forschenden verbringen Tag für Tag Zeit mit der Verwaltung von Dateien und Ordnern auf ihren Computern (Erstellen, Herunterladen, Benennen, Verschieben, Speichern, Löschen, etc.). Während sowohl Verfechter der reproduzierbaren Forschung als auch Datenmanagement-Experten den Forschenden empfehlen, eine angemessene Ordner-Organisationsstruktur zu verwenden, liefern nur wenige tatsächlich Beispiele oder Versuche, eine solche Struktur zu homogenisieren. Die auf diesem Poster vorgestellten Ergebnisse basieren auf einem gemeinsamen Projekt von drei neurowissenschaftlichen Sonderforschungsbereichen (SFBs) der DFG, das im Rahmen der Initiative NFDI Neuroscience durchgeführt wurde mit dem Ziel, Forschenden ein wiederverwendbares und anpassbares Template für eine Ordnerstruktur zur Verfügung zu stellen, mit der alle digitalen Dokumente eines Forschungsprojektes effizient organisiert werden können. In einem ersten Schritt wurden auf Basis von Interviews mit den Fachprojekten der beteiligten SFBs zwei initiale Templates entworfen und ihre Eignung, Präferenz und Akzeptanz in der Community in einer Online-Umfrage evaluiert. Der einleitende Teil des Posters fasst die Ergebnisse der Analyse der Umfrage zusammen, diskutiert die Vor- und Nachteile des Ansatzes und präsentiert ein gemäß dem erhaltenen Feedback angepasstes, aggregiertes und somit optimiertes Template. Der größte Teile des Posters präsentiert die technische Unterstützung für die Forschenden basierend auf einer Adaption von Techniken aus der Domäne der Softwareentwicklung. Grundlage ist hier, dass in den letzten Jahrzehnten die – aufgrund der immer steigenden Komplexität der zu entwickelnden Software kollaborative – Softwareentwicklung durch die tägliche Verwendung von GitHub-ähnlichen Plattformen erheblich erleichtert wurde. Ohne Features wie Issues, Pull- oder Merge Requests wäre eine effektive und effiziente Entwicklung nahezu unmöglich. Das Poster präsentiert somit ein Toolkit, das den Forschenden die Leistungsfähigkeit von GitHub-ähnlichen Plattformen in Bezug auf das zuvor vorgestellte Ordnerstrukturkonzept für das digitale Management von Forschungsprojekten verdeutlicht. Das Toolkit trennt dabei Daten und Code, ermöglicht jedoch einen experimentellen Workflow. Hinter den Kulissen verwendet das Toolkit fortschrittliche Technologien: git-annex und/oder Git LFS verarbeiten große Dateien wie fMRI-Daten, Sub-Module ermöglichen unterschiedliche Zugriffsrechte auf Unterordnerebene, GitLab und GIN repräsentieren Github-ähnliche Plattformen für die kollaborative Zusammenarbeit und ein zusätzlicher Dienst erleichtert und automatisiert komplexe Verwaltungsaufgaben wie die Erstellung des Forschungs-Repositorien mit Hilfe einer anpassbaren Ordnerstruktur. Zusammenfassend hoffen wir, der Forschungsgemeinschaft ein nützliches Template für die Struktur von Projektordnern zur Verfügung zu stellen, das seine volle Leistung entfaltet, wenn es in einer git-basierten Kollaborations-Infrastruktur in Kombination mit speziell zu diesem Zweck entwickelten Services für das Projektstrukturmanagement verwendet wird.

Item Type: Conference Item
Place of Publication: Heidelberg
Date Deposited: 26 Apr 2021 21:02
Date: 2021
Number of Pages: 1
Event Dates: 04.03. - 05.03.2021
Event Location: Heidelberg
Event Title: E-Science-Tage 2021: Share Your Research Data
Faculties / Institutes: Service facilities > Computing Centre
Subjects: 004 Data processing Computer science
570 Life sciences
610 Medical sciences Medicine
Collection: E-Science Days 2021
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