Directly to content
  1. Publishing |
  2. Search |
  3. Browse |
  4. Recent items rss |
  5. Open Access |
  6. Jur. Issues |
  7. DeutschClear Cookie - decide language by browser settings

Accelerating Checkpoint/Restart Application Performance in Large-Scale Systems with Network Attached Memory

Schmidt, Juri

[img]
Preview
PDF, English
Download (21MB) | Terms of use

Citation of documents: Please do not cite the URL that is displayed in your browser location input, instead use the DOI, URN or the persistent URL below, as we can guarantee their long-time accessibility.

Abstract

Technology scaling and a continual increase in operating frequency have been the main driver of processor performance for several decades. A recent slowdown in this evolution is compensated by multi-core architectures, which challenge application developers and also increase the disparity between the processor and memory performance. The increasing core count and growing scale of computing systems furthermore turn attention to communication as a significant contributor on application run-times.

Larger systems also comprise many more components which are subject to failures. In order to mitigate the effects of these failures, fault tolerance techniques such as Checkpoint/Restart are used. These techniques often rely on message-based communication and data transport stresses the local memory interface. In order to reduce communication overhead it is desirable to either decrease the number of messages, or otherwise to accelerate the execution of commonly used global operations. Finally, power consumption of large-scale systems has become a major concern and the efficiency of such systems must considerably improve to allow future Exascale systems to operate within a reasonable power budget.

This work addresses the topics memory interface, communication, fault tolerance, and energy efficiency in large-scale systems. It presents Network Attached Memory (NAM), an FPGA-based hardware prototype that can be directly connected to a common high-performance interconnection network in large-scale systems. It provides access to the emerging memory technology Hybrid Memory Cube (HMC) as shared memory resource, tightly integrated with processing elements.

The first part introduces the HMC memory architecture and serial interface, and thoroughly evaluates it in an FPGA using a custom-developed host controller, which has become an open-source initiative.

The next part describes the hardware architecture of the NAM design and prototype, and theoretically evaluates the expected performance and bottlenecks. The NAM design was fully prototyped in an FPGA and the contribution also comprises a corresponding software stack.

As a first use case NAM serves as Checkpoint/Restart target, aiming to reduce inter-node communication and to accelerate the creation of checkpoint parity information. Reducing checkpointing overhead improves application run-times and energy efficiency likewise.

The final part of this work evaluates the NAM performance in a 16 node test system. It shows a good read/write scaling behavior for an increasing number of nodes. For Checkpoint/Restart with a real application, a 2.1X improvement over a standard approach is a remarkable result. It proves the successful concept of a dedicated hardware component to reduce communication and fault tolerance overhead for current and future large-scale systems.

Translation of abstract (German)

Der kontinuierliche Anstieg der Mikroprozessorleistung wurde über Jahrzehnte hinweg getrieben von immer feiner werdenden Halbleiterstrukturen sowie steigenden Taktraten. Die kürzlich beobachtete Verlangsamung dieser Entwicklung wird durch Multi-core Architekturen kompensiert. Diese erfordern parallelisierte Anwendungen und stellen Anwendungsentwickler und die Prozessor-Hauptspeicher Schnittstelle gleichermaßen vor große Herausforderungen. Der weiterhin fortwährende Trend zu immer größeren verteilten Systemen und die damit einhergehende Zunahme an Einzelkomponenten stellt insbesondere Anforderungen an das Verbindungsnetzwerk, sodass viele Anwendungen bereits heute viel Zeit mit reiner Kommunikation verbringen.

Größere Systeme erhöhen zugleich die Wahrscheinlichkeit für Defekte. Um deren negative Auswirkungen zu reduzieren und Defekte zu tolerieren, werden üblicherweise Checkpoint/Restart Mechanismen eingesetzt. Da diese zumeist auf Kommunikation zwischen einzelnen Knoten basieren und zusätzlich die Prozessor-Hauptspeicher Schnittstelle belasten, ist es sinnvoll entweder den Umfang der benötigten Kommunikation zu reduzieren oder deren Einfluss zu minimieren. Zu guter Letzt gewinnt auch die Leistungsaufnahme verteilter Systeme immer mehr an Bedeutung. Im Hinblick auf die Exascale-Ära ist es daher zwingend notwendig die Energieeffizienz bedeutend zu verbessern um den Leistungsverbrauch dieser Systeme in einem vertretbaren Rahmen zu halten.

Diese Arbeit geht auf die oben genannten Problematiken Speicherschnittstelle, Kommunikation, Fehlertoleranz und Energieeffizienz ein und stellt Network Attached Memory (NAM) vor. NAM ist ein Hardware Prototyp, der direkt an ein gängiges Hochleistungs-Verbindungsnetzwerk in verteilten Systemen angebunden werden kann. Es bietet Zugriff auf gemeinsamen Speicher, der durch die aufstrebende Hybrid Memory Cube (HMC) Technologie realisiert ist.

Der erste Beitrag umfasst die Vorstellung, Technologieanalyse und HMC Evaluation in einem FPGA mithilfe einer eigens entwickelten Zugriffseinheit, die als Open-Source Initiative frei zugänglich ist.

Der nächste Beitrag erläutert den Entwicklungsprozess und die Hardwarearchitektur des NAM Designs und Prototypen und ermittelt die Leistung theoretisch. Das NAM Design wurde hierfür vollständig in einem FPGA implementiert und durch die für den Zugriff notwendigen Softwarekomponenten ergänzt.

In einem ersten Anwendungsfall dient der NAM als Beschleuniger für Checkpoint/Restart Prozesse mit dem Ziel, Kommunikation zwischen Knoten zu verringern und die benötigte Paritätsinformation schneller zu berechnen. Dies wird sich Vorteilhaft auf Anwendungslaufzeiten und Energieeffizienz auswirken.

Der letzte Beitrag beinhaltet verschiedene Leistungsmessungen in einem realen 16 Knoten System. Diese zeigen optimale Skalierbarkeit für Lese- und Schreibzugriff. Für Checkpoint/Restart wird eine bemerkenswerte, 2.1-fache Beschleunigung erreicht. Dieses Resultat belegt das erfolgreiche NAM Konzept zur Reduktion von Kommunikation und des Berechnungsaufwands für Fehlertoleranz in aktuellen und zukünftigen Systemen.

Item Type: Dissertation
Supervisor: Brüning, Prof. Dr. Ulrich
Date of thesis defense: 8 December 2017
Date Deposited: 19 Dec 2017 06:54
Date: 2017
Faculties / Institutes: The Faculty of Mathematics and Computer Science > Dean's Office of The Faculty of Mathematics and Computer Science
Service facilities > Institut f. Technische Informatik (ZITI)
Uncontrolled Keywords: Network Attached Memory
About | FAQ | Contact | Imprint |
OA-LogoDINI certificate 2013Logo der Open-Archives-Initiative