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Linker Histone-Nucleosome Interactions : A Modelling and Simulation Study

Pachov, Georgi V.

German Title: Linker Histon-Nukleosom Wechselwirkungen : Modellierung und Simulation

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Abstract

In the cell nucleus, DNA wraps around histone proteins, forming nucleosome particles, and packs into a highly negatively charged structure, the chromatin fiber. The linker histone is a protein that binds to the nucleosome and determines how the nucleosomes are linked to each other. To simulate the nucleosome-linker histone interactions, a Brownian Dynamics (BD) technique together with normal mode analysis (NMA) was applied. NMA of the nucleosome revealed the most prominent modes of motion of its two linker DNAs. The results were used to generate conformations of the linker DNAs which were used in BD simulations of the rigid-body docking of a linker histone and its mutants to the nucleosome. From the simulations, two distinct binding sites and one non-binding site on the linker histone were identified. The amino acids found to be most important for binding in the simulations with the linker histone mutants are consistent with experimental data. Moreover, a dominant binding mode of the linker histone to the nucleosome was found for a wide range of conformations of the linker DNAs. The association kinetics of the linker histone to the nucleosome was modeled using the results obtained by the BD docking. The obtained high association rates close to the diffusional limit (10^9 M^{-1} s^{-1}) were attributed to electrostatic steering between both biomolecules. A new method accounting for molecular flexibility during BD simulation was developed. One of the binding partners is treated as a discrete set of structural conformations representing its flexibility. The transition between the conformations is described by a Markovian process with probability following four different selection algorithms: three are based on the interaction energy between the molecules and the fourth is based on random selection. The method was successfully applied to the linker histone-nucleosome system, where the nucleosome was modeled as a flexible molecule. The result suggests that the linker histone preferentially binds to more open nucleosome conformations. Following the BD results obtained, the encounter complex dynamics was modeled by atomic detail Molecular Dynamics (MD), taking into account all degrees of freedom in classical mechanics on $sim 10:ns$ time scale. The simulation resulted in a stable biomolecular complex with a conformational change on the loop region of the linker histone, which could be attributed to an induced fit effect. As well as providing insights into the determinants of linker histone-nucleosome binding, the results are expected to be valuable for higher order modelling of the chromatin fiber.

Translation of abstract (German)

Im Zellkern wickelt sich die DNS um Histonproteine, bildet dabei Nukleosomenteilchen und packt diese in eine stark negativ geladenene Struktur, die Chromatinfiber. Das Linker-Histon ist ein Protein, welches an das Nukleosom bindet und die Verknüpfung der Nukleosomen untereinander bestimmt. Um die Nukleosom-Linker-Histon-Wechselwirkung zu simulieren, wurden Simulationsmethoden der Brownsche Dynamik (BD) und die Normalmodenanalyse (NMA) benutzt. Die NMA des Nukleosoms zeigten die wichtigsten Bewegegungsmoden der beiden Linker-DNS Moleküle. Diese Ergebnisse wurden benutzt, um Konformationen der Linker-DNS zu generieren, welche in BD Simulationen zum Docking mit starren Körpern zwischen einer Linker-DNS und deren Mutanten an das Nukleosom eingesetzt wurden. Aus diesen Simulationen konnten zwei unterschiedliche Bindungsstellen und eine Nicht-Bindungsstelle auf dem Linker-Histon identifiziert werden. Die Aminosäuren, die sich in den Simulationen als wichtig für die Bindung herausstellten, sind konsistent mit experimentellen Daten. Darüberhinaus wurde für eine große Anzahl von Linker-DNS-Konformationen eine einzige vorherrschende Bindungsmode des Linker-Histons an das Nukleosom gefunden. Basierend auf den Ergebnissen des BD Docking wurden die Assoziationsgeschwindigkeiten des Linker-Histons an das Nukleosom modelliert. Die erhaltenen hohen Assoziationsgeschwindigkeiten in der Nähe der Diffusionsgrenze (10^9 M^{-1} s^{-1}) wurden einer elektrostatischen Steuerung zwischen beiden Biomolekülen zugeordnet. Ein neues Verfahren zur Berücksichtigung von molekularer Flexibilität in den BD Simulationen wurde entwickelt. Hierbei wird ein Bindungspartner als ein diskreter Satz von strukturellen Konformationen behandelt, die die Flexibilität repräsentieren. Der Übergang zwischen den Konformationen wird durch einen Markow-Prozess beschrieben, dessen Wahrscheinlichkeiten vier verschiedenen Auswahlalgorithmen folgen: drei von ihnen basieren auf der Wechselwirkungsenergie zwischen den Molekülen und der vierte basiert auf einer Zufallsauswahl. Diese Methode wurde erfolgreich auf das Verknüpfungshiston-Nukleosomensystem angewandt, wobei das Nukleosom als flexibel behandelt wurde. Die Ergebnisse zeigen, dass das Verknüpfungshiston bevorzugt an eine offene Konformation des Nukleosoms bindet. Basierend auf den Ergebnissen der BD Simulationen wurde die Dynamik des Begegnungskomplexes in einer Molekulardynamiksimulation in atomaren Details auf einer Zeitskala von $sim 10:ns$ modelliert. Die Simulation ergab einen stabilen biomolekularen Komplex mit eine konformationellen Änderung einer Schleifenregion des Verknüpfungshistons, die einem Induced-Fit-Effekt zugeordnet werden konnte. Auf diese Art und Weise konnten Einsichten gewonnen werden in die maßgebenen Umstände der Verknüpfunghiston-Nukleosom Bindung. Zusätzlich werden diese Ergebnisse von Bedeutung sein für eine Modellierung der Chromatinfaser auf höhere Ebene.

Item Type: Dissertation
Supervisor: Smith, Prof. Dr. Jeremy C.
Date of thesis defense: 16. December 2009
Date Deposited: 08. Apr 2010 07:52
Date: 2009
Faculties / Institutes: The Faculty of Physics and Astronomy > Dekanat der Fakultät für Physik und Astronomie
Service facilities > European Media Laboratory (EML)
Subjects: 530 Physics
Uncontrolled Keywords: biophysics , simulation
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